Η ΕΕΠΦ το 2018 αξιοποίησε μέρος από τις δωρεές στη μνήμη Κωνσταντίνου Μητσοτάκη και σε συνεργασία με την Ιερά Μονή Χρυσοπηγής Χανίων προχώρησε στην δημιουργία ενός Βοτανικού Κήπου ιαματικών και αρωματικών φυτών της Κρητικής Γης. Ο κήπος βρίσκεται κοντά στο Βαρύπετρο Κυδωνίας στα Χανιά, σε μία κατάφυτη κοιλάδα ανάμεσα στο μετόχι Αγίας Κυριακής και στην Μονή Μεταμόρφωσης «στον Κάστελλο». Η έκταση για την υλοποίηση του Βοτανικού Κήπου παραχωρήθηκε ευγενικά από την Ιερά Αδελφότητα Χρυσοπηγής Χανίων.
Σκοπός είναι τόσο η προστασία και ανάδειξη των ιαματικών και αρωματικών φυτών της κρητικής γης, όσο και η λειτουργία του Βοτανικού Κήπου ως χώρου εκπαίδευσης για επισκέπτες και μαθητές σχολείων. Επιπλέον, ο Βοτανικός Κήπος θα μπορεί να αποτελέσει την αφετηρία της πεζοπορικής διαδρομής που ξεκινώντας από την κοιλάδα των μοναστηριών, θα διασχίζει τα Λευκά Όρη.
Στην προστατευόμενη από βόσκηση κοιλάδα φιλοξενούνται 335 είδη φυτών (σχεδόν το 1/5 της πλούσιας Κρητικής χλωρίδας η οποία φτάνει τα 1740 είδη φυτών) αλλά και 21 ενδημικά. Η κοιλάδα περιβάλλεται από σπήλαια και ασκηταριά, και ορίζεται από τα δύο μοναστήρια, την Αγία Κυριακή και την Μεταμόρφωση, και το εντυπωσιακό Κρητικό τοπίο. Μέσα σε 9 μήνες, διαμορφώθηκε μέσα στην κοιλάδα ένας Κήπος που αναδεικνύει 60 είδη βοτάνων από φυτευτικό υλικό που συλλέχθηκε από την Κρητική γη κατόπιν ειδικής άδειας, ή παραχωρήθηκαν από πιστοποιημένα φυτώρια του Δασαρχείου Χανίων και ιδιωτών. Στα γύρω μονοπάτια έχουν επίσης καταγραφεί και αναδειχθεί επιπλέον 40 είδη από υφιστάμενα βότανα ή άλλα ενδιαφέροντα φυτά της Κρήτης, ακόμα και ενδημικά. Μέσω του παρόντος έργου αναδεικνύεται η σύνδεση της Κρητικής χλωρίδας με την παράδοση, την πολιτιστική και θρησκευτική μας κληρονομιά και το ανάγλυφο της Κρήτης που είναι φανερή και πανάρχαια.
Η Ελληνική Εταιρία Προστασίας της Φύσης δούλεψε μαζί με βοτανικούς, κηποτέχνες, αρχιτέκτονες κήπου από την Ομάδα Chloroplastes, με την υποστήριξη της Αδελφότητας Χρυσοπηγής Χανίων, του Ιδρύματος Κωνσταντίνου Κ. Μητσοτάκη και του Δασαρχείου Χανίων, και κάτω από την επιστημονική επίβλεψη της βοτανικού Δρ. Ειρήνης Βαλλιανάτου, για να γίνει ο Κήπος σήμερα μία πραγματικότητα. Ο Κήπος εγκαινιάστηκε τον Ιούνιο 2019, και η συντήρηση και η ανανέωση του φυτευτικού του υλικού πραγματοποιήθηκε μέχρι τον Ιούνιο 2022 από την Κηποτεχνία Δρετάκη Γεώργιου υπό την επιστημονική επίβλεψη της ΕΕΠΦ.
